Om de grote modderkruiper te beschermen, is het essentieel om buiten kwetsbare periodes te werken. Deze periodes omvatten de voortplantingsperiode van april tot en met augustus, de winterrustperiode van november tot en met maart, en droogteperiodes waarbij watergangen droogvallen. Kritieke momenten zijn temperaturen onder het vriespunt of ijsvorming tijdens de winterrust en watertemperaturen boven 25 graden Celsius in de zomer. Het begin en einde van deze periodes kunnen variëren door lokale klimaatomstandigheden.
De meest gunstige tijd voor werkzaamheden die de gehele watergang beïnvloeden, zoals schonen en baggeren, zijn september en oktober. Tijdens deze maanden liggen de luchttemperaturen tussen 0 en 25 graden Celsius, er is geen ei-afzetting, jonge modderkruipers zijn opgegroeid, en volwassen exemplaren zijn nog actief. Activiteiten zoals baggeren kunnen ook plaatsvinden wanneer de watertemperatuur tussen 1 en 5 graden Celsius ligt, mits vooraf goed in kaart is gebracht waar de modderkruipers zich bevinden, zodat deze plekken kunnen worden ontzien.
Het faseren van werkzaamheden is cruciaal om grote sterfte en habitatvernietiging te voorkomen. Het is belangrijk om minimaal 50% van het leefgebied in stand te houden tijdens de werkzaamheden, en in kleine plangebieden zelfs 70%. In watergangen van minder dan vier meter breed, voer activiteiten aan één kant uit en minstens een jaar later aan de andere kant. In bredere watergangen moeten werkzaamheden alleen in het middendeel plaatsvinden, met minimaal één meter afstand tot de oevers. Voer activiteiten over een lengte van 200 meter uit en begin minstens een jaar later aan de volgende 200 meter. Het ontzien van plekken met veel modderkruipers, vooral in de winterperiode in diepere delen, is essentieel.
Specifieke locaties zoals de kopse kanten van doodlopende watergangen dienen te worden ontzien, en vegetatie moet 10 à 20 centimeter boven de bodem worden gemaaid.